Yuko et sa sœur quittent Kanazawa pour la ville de Daikoku. Peu après leur arrivée, leur chien virtuel Densuke passe à travers un mur et disparaît.
Yuko et Fumie tentent de guérir Densuke atteint d'un virus. Pendant ce temps, une mystérieuse fille envoie une armée de petites créatures virtuelles capturer ce dernier.
Lors de son premier jour d'école, Yuko apprend que Densuke a été kidnappé. Elle se lance à sa rescousse avec Fumie, mais les deux amies sont ralenties par Satchi.
Yuko souhaite se lier d'amitié avec Isako qui la rejette froidement. Daichi lance une attaque numérique contre Isako pour se venger de son refus d'intégrer son club.
Isako convainc Daichi et ses amis de l'aider à chercher des métabugs. Accompagnées d'Haraken, président du Club de biologie, Yuko et Fumie décident de les suivre.
Déterminées à découvrir la véritable identité d'Haraken, Fumie et Yuko enquêtent sur la programmation de Satchi. Kyoko veut participer à leurs expériences.
Alors que Yuko et Fumie recherchent un hamster virtuel, leur enquête les conduit à une usine désaffectée où Isako tente de capturer un illégal légendaire.
Le jour du festival d'été, Isako ordonne à Daichi de provoquer Fumie en duel. Mais ses sentiments envers elle le font hésiter à obéir.
Les enfants passent la nuit à l'école. Après avoir raconté des histoires effrayantes sur Michiko, ils livrent leur duel tandis qu'Isako continue de traquer l'illégal.
Isako expulse Daichi du club. Alors qu'elle aide Haraken à suivre de mystérieuses indications, Yuko se souvient soudain d'un garçon appelé 4423.
Afin de rassembler des métabugs, Daichi capture et élève un illégal à l'apparence de poisson… qui grandit de façon exponentielle et provoque le chaos en s'échappant.
Après avoir disparu pendant quelques jours, Daichi se présente à l'école avec une barbe numérique faite d'illégaux et qui s'avère être extrêmement contagieuse.
Yuko et Haraken aperçoivent Denpa face à un illégal qu'il a dompté, sur un terrain où des travaux sont prévus. Les amis s'emploient à lui trouver un nouveau foyer.
Akira enregistre des vidéos pour prouver que sa sœur Fumie le maltraite. De son côté, Haraken rencontre un jeune homme qui enquête sur les événements survenus à Daikoku.
Yuko se perd et rencontre un garçon nommé Takeru. Alors qu'il la ramène à la gare, elle pense reconnaître un endroit qu'elle avait déjà vu quand elle était petite.
Yuko tombe par hasard sur Akira à l'hôpital et le surprend en train d'enregistrer Isako. Curieuse, elle regarde la vidéo et fait une surprenante découverte.
Après avoir révélé le secret d'Isako à Haraken, Yuko tente de le pousser à se confier. Tamako décide de contrecarrer les efforts d'Isako pour capturer le kira-bug.
Isako ouvre un passage vers l'autre côté, permettant à Haraken de le traverser pour retrouver l'amie qu'il a perdue, Kanna. Yuko tente de l'en empêcher.
Yuko et Fumie échappent de justesse aux griffes d'illégaux grâce à la barrière de Megabaa. Elles cherchent ensuite un moyen de récupérer le corps numérique de Kyoko.
Haraken passe une fois de plus de l'autre côté. Tamako se lance à sa poursuite avec Yuko et raconte à cette dernière une terrible erreur qu'elle a autrefois commise.
Alors qu'un nouveau semestre commence, Yuko s'inquiète pour Haraken, toujours alité. Pendant ce temps, Isako est harcelée par un groupe de garçons à l'école.
Yuko sauve Isako d'un nouveau type de Satchi, puis elles se réfugient chez Okonogi. Isako examine Densuke et découvre un secret à son sujet.
Isako, Yuko et Daichi sont poursuivis par des Satchi lors d'un reformatage à grande échelle de la ville. Nekome ordonne à Isako d'utiliser Densuke pour ouvrir un passage.
Après avoir appris ce qui est arrivé à Isako, les parents des enfants leur confisquent leurs lunettes. Pendant ce temps, Tamako cherche un moyen de sauver Isako.
Grâce aux lunettes de son grand-père décédé, Yuko traverse le passage et suit la douleur dans sa poitrine pour trouver Isako. Mais les ennuis ne sont pas loin.
Le mystère entourant Michiko et 4423 se dévoile à mesure que les souvenirs de Yuko lui reviennent. Mais le temps presse si elle veut sauver le corps numérique d'Isako.