Robotnik déclenche une explosion dans sa base en utilisant la dernière Émeraude du Chaos. Sonic et ses amis sont alors envoyés dans un monde habité par les humains.
Avec l'aide de Chuck, le grand-père de Chris, Sonic tente de sauver Cream et Cheese, qui sont prisonniers sur une base militaire scientifique.
Quand Docteur Robotnik lance une attaque avec une de ses armes spéciales, Tails, Chris et Amy tentent de l'arrêter, mais le puissant robot est un ennemi redoutable.
Le président envoie un espion déguisé en professeur dans l'école de Chris. Robotnik et Sonic tentent de mettre la main sur la même Émeraude du Chaos.
Abandonné par Robotnik, Knuckles est coincé dans le monde des humains. Persuadé que Sonic est responsable, il le provoque en duel.
Robotnik envoie un maître-robot pour faire subir un lavage de cerveau à Chris et ses camarades, mais le robot ne s'en tient pas au programme défini.
Sonic et ses amis dorment sous le toit des Thorndyke en secret, mais une visite de l'oncle de Chris menace d'exposer leur secret au grand jour.
Robotnick s'aperçoit que l'armée l'espionne et envoie l'un de ses robots infernaux en orbite pour détruire tous les satellites. Les Terriens sont alors privés de télé !
Chris et ses amis profitent de la plage lorsque Robotnik fait irruption et lâche ses robots pour construire un parc d'attractions aquatique plus à son goût.
Un match de baseball oppose l'équipe Robotnik à l'équipe Sonic. Les gagnants recevront une Émeraude du Chaos.
Le président tente de capturer Sonic en utilisant une fausse Émeraude du Chaos, mais c'est Rouge qui est prise au piège. Elle doit alors accomplir une mission avec Topaz.
Chris et Tails affrontent Robotnik après la découverte d'une troisième Émeraude du Chaos. Rouge et Topaz mènent une attaque contre la base de Robotnik.
Robotnik s'enfuit avec l'Émeraude du Chaos tandis que Sonic préfère sauver Tails et Chris. Rouge et Knuckles sont pris au piège dans la base de Robotnik.
Pour célébrer la victoire contre Robotnik, le président organise une fête dont Sonic est l'invité d'honneur. Malheureusement, celui-ci est introuvable !
Robotnik revient semer le chaos à bord d'une nouvelle forteresse volante, et Sonic a absolument besoin du X-Tornado pour s'en débarrasser.
Après avoir détecté une émeraude du chaos dans les mers du Sud, Sonic et ses amis plongent dans les profondeurs pour la retrouver.
Le chasseur de trésor Hawk veut donner une émeraude du chaos cachée à son nouvel ami Knuckles, mais Robotnik envoie un robot kunoichi pour s'en emparer.
Après un atterrissage en catastrophe dans la savane, Tails et Chris tombent sur la construction d'un barrage à l'intérieur d'une réserve.
Sonic et ses amis visitent un vieux château où la mère de Chris tourne un film. La situation devient inquiétante lorsqu'un technicien libère les fantômes.
Chris et la troupe se détendent à bord du bateau de croisière de son père, jusqu'à ce que la forteresse volante de Robotnik apparaisse dans un glacier !
Disposant d'une nouvelle voiture de course, Sam Speed défie Sonic en duel. Sonic accepte le défi lorsque l'assistant du président enrôle Robotnik.
Chris et ses amis partent à la recherche de Cheese, disparu dans une colonie Chao. Pensant que l'équipe de secours a trouvé une autre émeraude, Robotnik envoie E-66.
Le père de Chris achète sans le savoir une bague faite d'une Émeraude du Chaos. Il prépare une surprise pour son épouse, mais le bijou attire l'attention de Robotnik.
Sonic ne cesse de courir, et c'est la faute du E-88 de Robotnik. Ses amis essaient de l'arrêter avec le X-Tornado, mais ce n'est pas facile.
Knuckles appelle à la trêve avec Robotnik afin de dénicher les sept émeraudes et rentrer à la maison. Chris déprime à l'idée du départ de ses amis.
En embrouillant Chris et Knuckles, Robotnik empoche six émeraudes et retient Chris en otage. Pour les récupérer, Sonic affronte un robot tirant sa force des émeraudes.
Six mois après l'apparition des Ruines mystiques, Sonic et Robotnik ont tous deux disparu, mais quelque chose d'étrange arrive à Froggy, l'ami de Big.
Après avoir comparé leurs notes sur Chaos, Sonic et Tails partent en mission de récupération des émeraudes. Knuckles a des visions d'un échidné d'il y a 4 000 ans.
Knuckles jure de retrouver les morceaux brisés de l'émeraude mère et rejoint Sonic et Tails dans une mission de sauvetage d'Amy, prisonnière de la forteresse volante.
Sonic, Tails et Knuckles pénètrent dans la forteresse volante. Chris et Big retrouvent Froggy, mais Robotnik se met en travers de leur chemin.
Tails empêche le missile de Robotnik de raser la ville et devient un véritable héros. Gamma se défait de l'emprise du Docteur et libère d'autres robots et animaux.
Chaos trahit Robotnik afin de garder les émeraudes pour lui. Knuckles et Sonic sont projetés dans le passé d'Angel Island.
En piratant les ordinateurs du GUN, Robotnik découvre le projet Shadow : une opération top secrète menée par son grand-père, visant à créer la forme de vie ultime.
Recherché pour vol, Sonic se soustrait à la garde du GUN. Quelques jours plus tard, un hérisson noir dérobe une émeraude du chaos dans un musée.
Après s'être rendu, Sonic est transféré à l'île-prison. Robotnik arrive avec un plan bien à lui alors que Chris, Amy et Tails cherchent à faire sortir Sonic.
Shadow transporte Chris dans la station spatiale de Robotnik, qui menace de détruire la Terre avec son Canon éclipse si la planète ne se rend pas.
Knuckles lutte contre Rouge pour le contrôle de l'émeraude mère. Pour saboter le Canon éclipse, Tails suggère de remplacer l'émeraude du chaos par un faux.
Pour se venger, Robotnik prévoit de faire s'écraser l'ARCHE sur Terre. Même en mettant leurs différences de côté, ceux à bord pourront-ils arrêter sa chute mortelle ?
Un trio de détectives du monde de Sonic arrive sur Terre à la recherche de Cream. Robotnik change d'avis et propose de réparer la Lune.
La lune de Robotnik entraîne une éclipse solaire qui plonge le monde dans l'obscurité. Il propose un remplacement artificiel, mais Sonic ne lui fait pas confiance.
Sonic continue d'essayer de perturber le service d'approvisionnement en lumière solaire de Robotnik. Le président envoie le GUN l'arrêter avec l'aide de Rouge et Topaz.
Lorsque Sonic ne vient pas à leur rendez-vous, Amy décide de sortir avec Sam. Pendant ce temps, Bokkun réactive le robot Emerl pour faire sortir Robotnik de prison.
Mis au travail en prison, Robotnik tend un piège à Sonic et ses amis en transformant tout un ensemble d'appareils ménagers en robots.
Libre, Robotnik reprend ses projets maléfiques. M. Stewart le suit dans les égouts avec Chris et les autres, mais tous se retrouvent prisonniers du repaire de Robotnik.
Dans l'espoir de faire sortir Robotnik de sa cachette, le président propose d'organiser un tournoi d'arts martiaux en mettant en jeu une émeraude du chaos.
Emerl perd la tête après avoir gagné l'émeraude. Sonic et les autres essaient de l'arrêter, mais sa capacité à imiter ses adversaires en fait un terrible ennemi.
Sonic et ses amis partent à la recherche d'un continent disparu. À leur arrivée, ils tombent sur Robotnik et son vaisseau de guerre.
Sonic, Knuckles et Rouge poursuivent Robotnik dans les profondeurs d'un volcan où ils découvrent un monde souterrain et les restes d'une civilisation disparue.
Le président pousse Chuck à passer à l'action avant que le temps ne s'arrête définitivement. Pour sauver les deux mondes, Sonic et ses autres doivent rentrer chez eux.
Tails et Chuck continuent de développer un appareil capable de renvoyer Sonic et les autres dans leur monde. Au mépris des ordres, l'armée s'en prend à Robotnik.
Chris met fin au lien entre les deux mondes au lieu de dire au revoir à Sonic. Si le hérisson ne rentre pas chez lui, le temps s'arrêtera pour tous.
Arrivés dans leur propre monde, les amis de Sonic attendent son retour, même Robotnik. Six ans plus tard, Chris repense à ses nombreux souvenirs avec Sonic.