L'Arcam envoie la brillante professeure Rie au Japon pour déchiffrer des inscriptions anciennes. Lorsqu'elle est kidnappée, un jeune agent Spriggan part la secourir.
L'Arcam découvre une mystérieuse arche de bois dans les montagnes enneigées de Turquie. Yu doit affronter un garçon au pouvoir diabolique qui en détient la clé.
Yu part enquêter dans une forêt maudite pour retrouver le soma, le nectar mythique de l'immortalité. Des alliés improbables l'aident à trouver le chemin de la sortie.
Yu essaie de récupérer un objet ancien potentiellement dangereux s'il tombe entre de mauvaises mains, mais ses ennemis parviennent à s'enfuir avec et à l'activer.
La tragédie frappe lorsque le professeur Kawahara essaie de protéger une ancienne relique plus puissante qu'une bombe atomique. Prêt à se venger, Yu se rend en Égypte.
Yu demande à un vieil ami de l'aider à enquêter sur une île étrange qui apparaît par intermittence au milieu de l'océan. Sur place, Yu doit affronter son passé.