Lassé de la politique menée dans son hôpital, le neurochirurgien réputé Kenzô Tenma fait un choix lourd de conséquences.
L'opération du jeune garçon est un succès, contrairement à celle du maire. Tenma voit son avenir à l'hôpital compromis et ses fiançailles annulées.
Tenma apprend la mort des personnes responsables de sa débâcle. Bien qu'il soit le principal suspect, sa carrière recommence à décoller.
Runge interroge Yunkers après son opération, mais sans succès. Alors que Tenma parvient tout juste à convaincre Yunkers de se confier, un autre meurtre mystérieux se produit.
Nina Fortner, une brillante étudiante, commence à recevoir d'étranges e-mails anonymes. L'enquête de Tenma le conduit à l'appartement d'un vieil homme.
Tenma et le journaliste Maurer font équipe pour protéger Nina, qui pense que le messager anonyme pourrait l'aider à recouvrer la mémoire.
Tenma et Nina font une terrible découverte chez les Fortner. Lorsque deux policiers arrivent pour les emmener au poste, Tenma les soupçonne de mentir.
Tenma retourne travailler après que Nina lui a laissé un mot avant de disparaître. L'inspecteur Runge interroge Eva concernant la cravate trouvée sur la scène de crime.
Runge demande à l'ancien militaire Bernhardt s'il sait où se trouve Tenma. Cinq mois plus tôt, Tenma apprend à tirer au pistolet et à améliorer sa condition physique.
Alors qu'il cherche Johann, Tenma tombe sur le cambrioleur aguerri Heckel, qui dit pouvoir l'aider s'il accepte d'effectuer une intervention douteuse.
Tenma se rend chez les Liebert à Berlin, où Johann et Anna ont grandi. Un habitant lui apprend que les enfants avaient vécu dans un orphelinat aujourd'hui abandonné.
Erna explique la sombre histoire et le réel objectif de l'établissement Kinderheim 511 à un Tenma inquiet. Dieter reçoit une visite indésirable à l'hôpital.
Tenma et Dieter traversent un petit village, où l'expertise médicale de Tenma et sa nature serviable attirent l'attention du médecin local.
Alors que Runge s'occupe du meurtre d'une prostituée ayant fréquenté un politicien, Eva lui rend visite dans son bureau pour savoir où en est l'enquête sur Tenma.
Nina fréquente un bar de Francfort sous une fausse identité pour retrouver la trace de Johann. Tenma lui emboîte le pas sur la base d'infos provenant de la source de Nina.
Nina découvre le plan visant à mettre le feu au quartier turc de Francfort. Dieter apprend qu'une voiture a renversé Tenma, qui se fait tabasser en captivité.
Tenma affronte Wolf et retourne à Francfort pour empêcher l'incendie. Nina tient en joue le Bébé pour savoir d'où partira le feu.
Nina parle de l'incendie à la police avant de retrouver Rosso, une vieille connaissance. Elle se souvient de l'époque où elle travaillait dans son restaurant italien.
Tenma rend visite à son vieil ami, le psychologue Gillen, pour parler de Johann, mais cette réunion se retourne contre lui lorsque Gillen le soupçonne d'être le tueur.
Tenma et Dieter font du stop pour aller à Freiham et se retrouvent à voyager avec un couple d'Anglais. Le mari, ancien policier, se méfie de Tenma.
Désormais retraité, Muller engage un enquêteur pour suivre l'affaire impliquant Tenma, Nina et Messner. Il se confie à son garde du corps au sujet des Fortner.
Runge enquête sur le meurtre d'un couple d'âge mûr à Hambourg et en profite pour tenter d'attirer Tenma dans un piège.
Eva se réveille au poste de police après avoir bu toute la nuit et se rend compte que son sac a disparu. Elle fait bientôt la connaissance de Roberto.
À Fussen, Tenma s'occupe d'un homme autrefois plongé dans le monde du crime, et apprend que Johann pourrait avoir fait partie de son organisation criminelle.
Schuwald, un vieil homme riche, emploie des étudiants pour lui faire la lecture chaque soir. L'un d'eux, Karl, enquête sur les activités suspectes de Schuwald.
À la demande de Schuwald, un détective privé se penche sur le suicide de Fahren. Karl rencontre Johann et lui raconte sa propre enfance en famille d'accueil.
Richard espère rétablir des liens avec sa famille et tente de ne pas succomber à la tentation de boire. Karl doit prendre de difficiles décisions concernant sa famille.
Après que Schuwald lui a demandé d'arrêter d'enquêter sur la mort de Fahren, Richard se replonge dans d'anciens meurtres non résolus et relie les affaires entre elles.
Dans le cadre de son enquête, Richard suit Johann et rencontre ensuite un couple qui pourrait être ses parents. Reichwein parle de Johann avec Gillen.
Reichwein doute des circonstances de la mort de Richard. Il se lance alors dans sa propre enquête et finit par se retrouver dans de dangereuses situations.
Alors qu'ils partagent des informations, Reichwein promet à Tenma qu'il l'aidera à prouver son innocence. Puis, ils aperçoivent Johann dans une entreprise de Schuwald.
Lotte se lie d'amitié avec Nina à la bibliothèque et remarque sa ressemblance avec Johann. Tenma s'entraîne avec un fusil et cherche un endroit d'où tirer sur Johann.
Après que plusieurs enfants ont trouvé la mort, un survivant explique le lien entre les incidents et Johann, qui semble savoir que Tenma projette de le tuer.
Lotte découvre pourquoi Johann s'est évanoui. Johann reçoit une lettre signée "Hindenburg la Rouge" et se rend dans le quartier chaud pour la rencontrer.
Au lieu de passer du temps avec sa fille, Lunge en apprend davantage sur la personnalité de Tenma en rencontrant des hommes d'affaires japonais qui le connaissaient bien.
Reichwein raconte à Schuwald la sombre histoire de Johann. Le jour de la cérémonie de réception de la bibliothèque, Tenma guette le début de l'événement.
Après avoir lu le livre à l'origine de l'évanouissement de Johann, Nina se rend à la bibliothèque. Sa cible en ligne de mire, Tenma se prépare à faire feu.
Tenma et Roberto s'affrontent sur le balcon tandis que l'incendie s'intensifie dans la bibliothèque. Au milieu des flammes, Johann raconte calmement la scène à Schuwald.
Au lendemain de l'incendie, Lunge rencontre Karl à l'hôpital et commence à croire en l'existence de Johann. Mais il peine à en trouver des preuves.
Dans un train à destination de Prague, Grimmer, un journaliste enquêtant sur les agissements du Kinderheim 511 rencontre Tenma et l'aide à échapper aux autorités.
Grimmer fait grincer des dents en suivant à travers Prague Petrov, ancien directeur de Kinderheim, et en essayant d'obtenir des preuves de ses expériences immorales.
Un policier interroge Grimmer sur la mort et les dernières paroles de Petrov. Plus tard, Grimmer essaie d'empêcher que la clé ne tombe entre de mauvaises mains.
L'inspecteur Suk trouve les corps de son mentor et de ses complices sur une scène de crime. Alors qu'il noie son chagrin, il aperçoit une jeune femme à l'air familier.
Suk interroge les enfants de l'orphelinat de Petrov sur Grimmer, qui n'ont que des choses gentilles à dire sur lui. Tenma en apprend davantage sur la mère des jumeaux.
Le nouveau chef de la police soupçonne Suk d'être impliqué dans les récents faits de corruption et le fait suivre. Suk et Grimmer utilisent ensemble la clé de Petrov.
Tenma découvre dans le journal que Suk a des ennuis à cause d'une organisation criminelle secrète. Il rend visite à la mère de Suk, qui lui révèle où il se cache.
Arrivée à Prague avec Dieter, Nina est abasourdie lorsque plusieurs personnes l'appellent Anna. Tenma et Grimmer recherchent Suk sans parvenir à le localiser.
Tenma et Grimmer arrivent à l'hôpital pour récupérer la cassette auprès de la mère de Suk, mais ils soupçonnent que Johann lui a rendu visite juste avant eux.
Pour prouver l'innocence de Grimmer, les garçons de l'orphelinat décident de retrouver la jeune femme blonde qui a tué Petrov. Grimmer et Tenma leur rendent visite.
Lunge interroge Suk à l'hôpital. Plus tard, Ranke l'autorise à abattre un mur et à accéder à une pièce secrète dans la villa des roses.
Le Dr Reichwein raconte à Schuwald sa visite aux Trois Grenouilles, rappelant à Schubert son propre passé. La nouvelle de l'arrestation de Tenma se répand.
Ses gardiens demandent à Tenma, captif en Allemagne, de soigner Milch, un autre détenu et escroc ayant plusieurs fois réussi à s'évader de prison.
Après que Tenma a découvert la véritable identité de son avocat et les plans visant à tuer Eva parce qu'elle en sait trop, il envisage de s'évader avec Milch.
Roberto se rapproche d'Eva, qui a baissé sa garde. Gustav élabore un dangereux stratagème pour aider Tenma et Milch à s'échapper de leur fourgon.
Tenma cherche dans quel hôtel est descendue Eva afin de la rejoindre avant Roberto. Verdemann reçoit une visite surprise, qui l'interroge sur son père.
Tenma commence un long voyage vers la villa des roses. Nina et Dieter errent dans Prague à la recherche du même bâtiment, guidés par les souvenirs de la jeune femme.
Nina se souvient de son adoption avec Johann, des jeux auxquels ils jouaient étant enfants, et de la nuit où il a assassiné leurs parents et lui a demandé de l'abattre.
Blessé par balle, Martin, le garde du corps d'Eva, demande à voir Tenma. Deux mois auparavant, il accepte à contrecœur de protéger Eva.
Martin tombe sur Tenma dans un restaurant et s'en prend à lui. Après avoir assisté à une fête avec Eva, Martin retombe sur Tenma, qui exige des informations.
Alors qu'il s'apprête à tuer Eva, Martin change d'avis et l'aide à s'échapper. Lorsque les hommes de l'organisation le retrouvent, une fusillade éclate.
Nina se rend dans des lieux clés de Prague pour tenter de recouvrer la mémoire. Suk et Verdemann interrogent des personnes qui se sont rendues dans la villa des roses.
La police retrouve Tenma, mais une camionnette le renverse pendant qu'il s'enfuit. Il se réveille dans la maison d'un dentiste nommé Milan, qui en a après Capek.
La veille de sa retraite, l'inspecteur Weissbach escorte un tueur en série qui lui explique ses motivations et ses liens avec Johann et Anna Liebert.
Le Bébé dîne avec une danseuse qui a suscité son intérêt. Il fait part à Capek de ses inquiétudes concernant Johann et les récents meurtres.
Johann rend une visite surprise et tendue à Capek. Alors que les hommes de Capek viennent la chercher dans sa chambre d'hôtel, Nina les accueille avec une arme.
Capek explique à Nina comment ses parents se sont rencontrés à la suite d'une expérience, les circonstances de sa naissance et qui tire les ficelles.
Au milieu des ruines de la villa des roses, Johann décrit à Nina comment il a été enlevé enfant au Trois Grenouilles et le jour du massacre à la villa des roses.
Lunge se rend dans la ville tranquille de Ruhenheim et recommande à la police d'être en alerte. Il tombe ensuite sur Grimmer, qui utilise un pseudonyme.
La paranoïa des Heinich s'intensifie après la découverte du corps de Konrad. Tenma raconte à Nina ce qu'il a appris sur Bonaparta, puis retrouve Lipsky à Prague.
Sous une pluie battante, des corps sont retrouvés dans toute la ville. Grimmer réconforte Wim avant de révéler avec Lunge un secret au sujet du propriétaire de l'hôtel.
Grimmer se prépare à défendre l'hôtel. Alors que Tenma aide des résidents à s'enfuir et que Lunge cherche des réponses, les deux hommes se retrouvent face à face.
Lunge ratisse l'hôtel à la recherche de Roberto. Lorsque Tenma lui parle de la lettre trouvée dans la villa des roses, Bonaparta fait une confession.
Nina et Gillen débarquent alors que Tenma se retrouve enfin face à face avec Johann, qui l'incite à l'éliminer en menaçant Wim.
Karl raconte à Schuwald ce qui est arrivé à Tenma, et Eva parle de ses progrès à Reichwein. Suk, Verdemann et Lunge viennent se recueillir.