Le jour de la rentrée à Alan Turing, un lycée technologique novateur, Austin, Parker, Tamra et Trey découvrent qu'ils forment la nouvelle génération de Cyber-gardiens.
Alors que Vera s'adapte à son existence d'ado virtuelle, le Hacker ranime un vieil ennemi, progressant ainsi dans sa mission de destruction.
Parker s'accorde une mise à jour non autorisée. Mégabyte prend le contrôle d'une forteresse numérique et entame la construction d'une armée de sentinelles.
Mégabyte crée la diversion avec un adorable chat contenant un virus, tandis que le Hacker se prépare à lancer une attaque de plus grande envergure.
Le décryptage d'une curieuse sphère révèle les surprenantes origines du code des gardiens. Austin et Parker partent alors à la recherche d'autres sphères.
Vera intègre à son système un plug-in d'émotions d'adolescent. Elle enchaîne alors les sautes d'humeur et met une importante mission en péril.
Quand Mégabyte et ses sbires attaquent Virusylum, Trey doit faire un choix difficile : continuer le sport ou sauver la planète.
Vera convainc la mère d'Austin que la technologie peut rendre sa vie meilleure. Mais un virus transforme Alyx, son assistante virtuelle, en un être diabolique.
Les Gardiens unissent leurs forces pour empêcher le Hacker de dévaster la côte ouest avec un satellite météo. La mère d'Austin fréquente quelqu'un !
Mégabyte s'allie à sa méchante sœur Hexadécimal, et les Gardiens font la rencontre des personnages d'origine de ReBoot.
Alors que le Hacker a piraté le réseau cellulaire pour localiser les Gardiens, Tamra affronte Hexadécimal et récupère une deuxième sphère.
Le Hacker envoie une armée de zombies pour saboter Internet. Pendant ce temps, Austin commence à se demander si la mort de son père était réellement accidentelle.
Parker travaille sur un nouvel outil pour impressionner Vera, et Mégabyte essaie de se faire valoir auprès du Hacker en transformant un jouet pour enfants en arme.
Les Gardiens se démènent pour empêcher la propagation d'une vidéo au contenu secret, tandis que Parker apprend la vérité sur la relation de Trey et Vera.
Réalisant que le Hacker est sur le point de lancer une tête nucléaire, Rowin fait appel aux Gardiens pour l'en empêcher.
Quand elle accède par accident à la salle Zéro, Shari revêt l'armure d'Enigma et s'attire de sérieux ennuis. Les Gardiens réussiront-ils à la récupérer vivante ?
Libéré, Mégabyte prend le contrôle de la Ville des réseaux sociaux pendant que le Hacker se dirige vers Quantum Heights. Trey commence à songer à ses études supérieures.
Lorsque Hexadécimal et Mégabyte préparent leur évasion de Virusylum, Tamra et Austin se retrouvent pris entre deux feux. Les Gardiens demandent alors de l'aide à Rowin.
Les Gardiens vont dans le Deep Web pour protéger Judy d'une cyber arnaque. Austin se retrouve face à face avec le Hacker et fait une troublante découverte.
Quand les Gardiens se réunissent pour contrer le Hacker qui s'apprête à détruire Internet de l'intérieur, ils réalisent qu'ils peuvent peut-être le sauver.