Par une nuit pluvieuse, une femme enceinte cherche un abri. Bien que la vieille aubergiste flaire les ennuis, elle lui propose une chambre qui n'accueille jamais de clients.
Les zashiki warashi sont à l'origine des étranges événements. Alors que la vérité sur l'auberge est révélée, le vendeur de remèdes se prépare à dégainer son épée.
Le vendeur de remèdes, un exorciste et d'autres passagers embarquent pour Edo à bord d'un vaisseau marchand qui dévie de sa trajectoire et se fait attaquer par des ayakashi.
Sauvé par le vendeur de remèdes, le vaisseau cherche une voie de secours. Un autre esprit ayakashi apparaît et révèle les peurs les plus profondes des passagers.
Après l'apparition devant le vaisseau marchand d'un bateau creux renfermant un sacrifice humain aux ayakashi, les passagers se regroupent pour jeter un œil à l'intérieur.
Une femme est capturée pour avoir massacré son mari et leur famille. Le vendeur de remèdes soupçonne l'œuvre d'un mononoke et l'interroge sans relâche.
Après avoir affronté à nouveau l'homme au masque de théâtre nô, le vendeur de remèdes découvre que la relation d'Ocho avec sa mère est à l'origine des meurtres.
Trois hommes se disputent la main de la princesse Ruri, héritière de la maison Fuenokouji. Alors que les épreuves s'enchaînent, le corps d'un homme est retrouvé.
Nullement rebutés par le décès, les prétendants poursuivent le jeu des encens, motivés par un trésor de famille. Leur obsession provoque une nouvelle tragédie.
C'est l'inauguration de la nouvelle ligne de métro. Lors du premier trajet, tous les passagers disparaissent, à l'exception de sept d'entre eux, dont le maire.
Le vendeur de remèdes conclut que l'incident du métro est l'œuvre d'un mononoke. Il découvre un lien caché entre les passagers.
Les passagers disparaissent à chaque fois que la vérité est dévoilée, jusqu'à ce qu'il ne reste plus que le vendeur de remèdes et une autre personne face au puissant esprit.