Face au danger qui menace l'OSS, Gregorio relance l'Académie d'espionnage pour entraîner ses enfants et d'autres jeunes à contrer les plans odieux de Cortex d'Or.
Carmen et Juni doivent apprendre à supporter les rigueurs de la vie de l'Académie d'espionnage... ou se préparer à prendre la porte !
Voyant les abominables plans du SWAMP contrariés, Cortex d'Or engage le DJ fauteur de troubles Otto Tune pour attirer les Spy Kids hors de l'académie.
Ayant détecté une activité SWAMP, deux rivaux doivent mettre leurs différends de côté afin d'empêcher le reste de l'équipe de tomber dans un piège diabolique.
Les jeunes de l'équipe Mission Critique doivent prouver leur valeur quand un groupe rival au sein de l'académie menace de prendre leur place d'équipe vedette.
Quand les Spy Kids affrontent le Baron Visage, ils découvrent que son ex-élève est un traître devenu agent du SWAMP.
Gênée comme tout, Scorpion menace de quitter l'Académie d'espionnage quand son père Fegan Floop, star de la télévision, décide d'y enseigner.
Parfait Thêta, artiste de rue préféré de P.S.I., prend l'inventeur sous son aile et lui demande de l'aider à concevoir une nouvelle installation d'art industriel.
Les chefs d'équipe Carmen et Juni doivent réussir un examen difficile, faute de quoi, ils risqueront à nouveau l'expulsion de l'Académie d'espionnage.
Enfin soudés, les jeunes de l'équipe Mission Critique doivent réussir l'épreuve la plus complexe : détruire l'antre de Cortex d'Or une bonne fois pour toutes.
Pour créer une diversion, Cortex d'Or transforme son technicien en un virus informatique vivant pour détruire l'ordinateur central de l'Académie.
Cortex d'Or demande à un chanteur de heavy métal de faire sauter la porte de la chambre forte du ministère des Finances en utilisant sa voix hyper puissante.
Carmen est tellement superstitieuse qu'elle croit s'être jeté un sort. Cortex d'Or cherche la formule qui permettra à sa taupe d'accomplir une mission.
Ace, qui veut rester le visage du magazine d'espionnage, cherche le Dr Jericho, spécialisé en reconstruction faciale. Mais Cortex d'Or a d'autres plans pour le médecin.
Alors qu'une rencontre entre Cortex d'Or et la taupe est interceptée, Carmen et Scorpion doivent apprendre à se faire confiance mutuellement.
Après avoir reçu un message censé provenir d'Impro, pour qui elle a un petit faible, Carmen se rend dans le désert, où SWAMP lui a tendu un piège.
L'équipe de jeunes espions passe en revue tous les profs grâce à un détecteur de mensonges sophistiqué, et Juni doit récupérer un dossier secret à l'ancien QG de l'OSS.
Les espions Mission critique surprennent Floop dans des circonstances suspectes. Juni et Scorpion doivent alors faire vite pour prouver son innocence.
Les Cortez arrivent à l'Académie pour participer à un tournoi d'espionnage en famille. Mais Juni redoute que son père révèle qui est le créateur du sérum Pinnoquinox.
Maintenant que le Pinnoquinox est entre les mains du Cortex d'Or, les enfants doivent prendre d'assaut le QG du SWAMP et récupérer le sérum de force.