Alors qu'ils s'accordent un temps de répit dans leur vie de lycéens, trois amis provoquent un accident de laboratoire et découvrent ensuite qu'ils ont des super-pouvoirs.
Capturés par Kane et Rook, Jake, Nathan et Ricardo voient leur vie changer de façon inimaginable, loin de toute punition.
Alors qu'ils s'adaptent à leurs nouveaux pouvoirs, les Flex Fighters rencontrent un mystérieux ninja cherchant à détruire Rook et Charter City.
Un hacker développe des pouvoirs lui permettant de passer à travers des objets solides. Les Flex Fighters arriveront-ils à l'empêcher de prendre le contrôle de la ville ?
Alors que Stretch et les Flex Fighters essaient de régler leurs différends, un mystérieux méchant cherche à s'approprier la dernière création de Rook.
Kane et les Flex Fighters doivent affronter l'ancien gangster Jack Kinland, qui a pris le contrôle de la pègre avec l'aide de Stretch Monster.
Une scientifique capable de glisser sur de l'électricité sabote le réseau électrique de la ville pour se venger de Rook.
Les Flex Fighters doivent arriver avant Blindstrike sur le site où s'est écrasé l'avion du Docteur C, qui renferme les secrets du dangereux Hyper-Flexarium.
Stretch n'arrive plus à maîtriser ses pouvoirs après avoir été frappé par une arme de Brick et Mortar inconnue. Va-t-il pouvoir participer au bal de l'école ?
De mystérieux Tech Men prennent le musée en otage. Stretch et les Flex Fighters doivent trouver le moyen de les arrêter sans révéler leur identité.
Stretch et les Flex Fighters font équipe avec un allié inattendu pour localiser la base secrète du Docteur C et découvrir l'identité de Blindstrike.
Stretch et les Flex Fighters doivent retrouver un mystérieux produit chimique dangereux détenu par Blindstrike avant que Stretch Monster n'y parvienne.
Stretch et les Flex Fighters découvrent le sinistre plan de Stretch Monster et doivent empêcher son armée de Flex monstres de prendre le contrôle du monde.
Reniés par leur propre ville, les Flex Fighters font équipe avec le Docteur C et Blindstrike pour protéger Charter City sans le soutien de Rook Unlimited.
Un méchant capable de contrôler les esprits arrive à Charter City, obligeant les Flex Fighters à affronter leurs plus grandes peurs pour sauver la ville.
Lorsque Blindstrike disparaît mystérieusement de Charter City, les Flex Fighters partent chercher des indices dans un vieux bungalow de plage.
Alors que Wingspan et Omni-mass sont occupés, Stretch doit affronter les Tech Men seul lorsqu'ils reviennent voler la technologie de Rook Unlimited à Charter City.
Les Flex Fighters font appel à leur professeur de botanique pour retrouver une plante monstre pillant les pépinières et les entrepôts de produits chimiques de la ville.
Les Flex Fighters doivent découvrir la vraie personnalité de Gabe transformé en Multi-Farious afin de l'empêcher de détruire la ville.
Stretch et Blindstrike se lancent à la recherche d'Omni-mass et de Wingspan qui ont disparu lors d'une attaque des Tech Men sur des installations de Rook Unlimited.
Chassé de sa propre tour, Rook fait appel aux Flex Fighters pour l'aider, révélant son passé et la vérité sur les infâmes Tech Men.
Les Flex Fighters doivent faire équipe avec leur plus grand adversaire lorsque les Tech Men commencent à transformer les citoyens de Charter City en fidèles serviteurs.
Stretch et les Flex Fighters sont forcés de tout risquer pour libérer Charter City de l'emprise des terribles Tech Men.