Huit mois après la mort soudaine de sa mère astronaute, Alex se soumet aux tests d'entrée de l'école d'élite où elle avait fait ses études.
Lors de leur première compétition, les Eagles et les Ravens doivent résoudre une énigme. Pour se faire accepter dans son équipe, Alex s'éloigne de sa sœur aînée.
Les Eagles font pression sur Alex pour qu'il les aide à se venger des Ravens. Le FBI cherche une arme perdue près du campus et soupçonne un élève de l'avoir prise.
Brooke trouve suspect le comportement de son petit ami Daniel sur la plage. Jackie découvre le côté gentil de Max quand il l'aide à faire un devoir.
Le secret de Daniel est dévoilé. Max, le génie des échecs, tombe sur une adversaire à sa hauteur. L'amitié entre Hayley et Leo change soudain de nature.
Hayley est contrariée quand Leo évite de parler de ce qui est arrivé entre eux. En cours d'EPS, Max essaie d'impressionner Emma parce qu'il a des vues sur elle.
Les deux candidats au poste de capitaine de l'équipe des Eagles s'affrontent lors d'un débat. En cours, les élèves se disputent à propos d'un hypothétique dilemme moral.
Jackie explique à Max comment demander à Emma de sortir avec lui. Jason reçoit une mission importante, mais risquée, concernant le lancement d'un satellite.
L'enquête de Brooke la met en danger et lui fait faire une découverte. Quand Sophie fait nettoyer leur vestiaire malodorant aux garçons des Eagles, un secret est révélé.
À la fête des moissons organisée par l'école, les Eagles et les Ravens se mesurent à qui vendra le plus de cupcakes pour lever des fonds.
La lettre de Ryan révèle un secret qu'elle n'avait jamais confié à son mari. Emma ayant refusé de l'accompagner, Max emmène Jackie au bal d'Halloween.
Hayley découvre qui vient rendre une visite-surprise à Leo. Emma subit les conséquences de son appel à la NASA. Jaloux, Daniel fait une scène lors du bal de l'école.
Des flashbacks révèlent qu'adolescent, Ryan a fait une découverte à Greenhouse et qu'un ordre a été donné juste avant le lancement d'Athena. Brooke tombe dans un piège.
Pendant un quizz, Aspen agace Hayley en jouant les madame Je-sais-tout, tandis que Brooke a un étrange trou de mémoire. Emma manque à Max, qui tente de l'appeler.
Quand Aspen devient jalouse, Leo annonce qu'ils doivent mettre les choses au point. Judy et Marcus déclenchent un test sismique et obtiennent des résultats surprenants.
Sous la mer, Hayley vit quelque chose qui la fait changer d'opinion sur sa mère. Pensant que c'est la fin du monde, Parker lâche des aveux.
Les Eagles ignorent Sophie, à l'exception de l'un d'entre eux. Daniel a une intuition concernant l'identité de la personne qui influence Brooke.
Ayant pris sa mère en flagrant délit de mensonge, Daniel demande son avis à Hayley. Aspen fait un lapsus qui choque Leo. Piégée, Jackie avoue un méfait sans le vouloir.
Hayley et Daniel essaient de sortir Brooke de son état hypnotique. Max et Jackie voient un point commun aux étranges événements auxquels Emma est mêlée.
Brooke raconte à Daniel et Hayley ce qu'il s'est passé juste avant qu'on ne l'hypnotise. Marcus prend une décision qui interloque Louis et fait enrager Judy.
Leo se réveille dans la grotte. Lors du dîner avec leurs parents, Brooke et Daniel exécutent leur plan pour retirer à Jason les cavaliers blancs du jeu d'échecs d'Emma.
Quand Hayley donne à son frère et à ses amis la nouvelle, ils se disputent quant à la marche à suivre. Max et Jackie sont surpris en train de tenter de contacter Emma.
Pendant que Daniel et Alex jouent la montre lors d'un match de basket, Hayley s'introduit dans la grotte, et Max obtient une aide inattendue.
Une bombe risque de détruire la grotte et l'école de Greenhouse très bientôt et les élèves doivent contourner la police pour effectuer un sauvetage.
Lorsque les Eagles et les Ravens commencent à se rapprocher, le directeur organise une randonnée épuisante de deux jours destinée à raviver leur esprit de compétition.
Les retombées de la randonnée se font sentir à l'intérieur et à l'extérieur de l'école, soulevant un ensemble de questions et menant à une décision difficile.
Brooke a du mal à ne pas dire la vérité à Alex lors d'un bouleversement à Greenhouse. Les choix passés de Sophie menacent son statut actuel.
Alors qu'un sinistre complot visant l'école se développe, Leo n'apprécie guère le nouveau style de vie de Hayley, et Brooke se dispute avec Alex au sujet de son frère.
Un merveilleux cadeau de Ryan rebooste le moral des Ravens. Becca étouffe Leo de toute son attention. Brooke prend une décision impulsive au mauvais moment.
Des membres des Eagles et des Ravens font équipe pour retrouver un précieux morceau de magnétite. Découragée, Brooke cherche à prendre un nouveau départ.
Alors que les Eagles et les Ravens se mesurent à l'occasion du challenge du drapeau, Enzo reçoit une mystérieuse offre qu'il ne peut pas refuser.
Hayley cherche à faire la lumière sur un bruit aigu, mais sa détermination entraîne malgré elle toute une série d'événements terribles.
Une explosion fait trembler l'école. Alors qu'une élève espère être secourue, un autre étudiant est confronté à un mystérieux virus.
Hayley envisage une solution risquée pour sauver son camarade de classe, et les Eagles et les Ravens ont une théorie sur le mystérieux virus.
Le revers subi par Leo crée des tensions entre Hayley et Daniel. Pendant ce temps, une enquête du FBI engendre d'importantes révélations.
Des informations personnelles sont confiées à Becca et Daniel, en proie à leurs véritables émotions. Un changement de programme cause problème à un ennemi de l'ombre.
L'ennemi de l'ombre met un plan sinistre à exécution. Plus tard, Sophie remet en question certaines nouvelles, et Daniel hésite à passer aux aveux.
Alors que les Eagles et les Ravens examinent les preuves d'une attaque, un texto suspect de Leo les conduit à une découverte choquante.
Alors que Hayley, Daniel et Leo sont sur le point de découvrir la vérité sur le mystérieux virus, leurs véritables sentiments les uns pour les autres sont révélés.
L'ennemi de l'ombre lance un ultimatum effrayant. Les Eagles et les Ravens interviendront-ils à temps pour sauver le monde ?