Clary Fray a 18 ans et étudie l'art, lorsqu'elle découvre qu'elle est une Shadowhunter et fait partie d'un monde caché au bord de la guerre.
Clary est bien décidée à recouvrer la mémoire. Elle fait appel aux mystérieux frères silencieux, accompagnée de ses nouveaux alliés.
Lorsque le clan des vampires new-yorkais kidnappe Simon, Jace forme Clary afin qu'elle puisse se joindre à leur mission de sauvetage.
Clary se rapproche du mystérieux sorcier Magnus Bane pour invoquer le démon qui s'est emparé de ses souvenirs, tandis qu'un lourd secret concernant Alec est dévoilé.
Lancés à la recherche d'indices pour retrouver Valentin, Clary et Simon se retrouvent nez à nez avec la meute de loups-garous de New York.
Alors qu'il lutte pour sa survie, Luke, blessé, révèle à Clary l'histoire secrète qui l'unit à Jocelyn et Valentin.
Avant d'atteindre la Coupe Mortelle, les Shadowhunters vont devoir affronter les nombreux démons et autres personnages suspicieux se dressant sur leur chemin.
Pendant que Clary songe à ressusciter Simon en vampire, à l'Institut, l'apparence de Lydia Branwell oblige Alec à faire un sacrifice.
Lydia divise les opinions en décidant d'emmener Meliorn dans la Cité des Ténèbres pour l'interroger, tandis que Simon tente de contrôler ses nouveaux pouvoirs.
Avant de pouvoir retrouver Valentin, Clary doit d'abord évoluer dans un monde parallèle pacifiste.
Malgré ses doutes, Clary décide de s'allier à Michael Wayland, le père de Jace, longtemps présumé mort, pour venir en aide à Jocelyn.
Alec lutte contre ses véritables sentiments envers Magnus. Clary et Jace font face à une surprenante révélation alors qu'ils cherchent de l'aide pour rompre un sort.
La dernière chance pour Clary de réveiller sa mère la contraint à demander de l'aide à la personne qu'elle redoute le plus. Jace souffre d'avoir été trahi par Hodge.
Jocelyn retrouve enfin sa famille. Clary et le nouveau chef de l'Institut s'opposent quant à la mission de sauvetage de Jace. Valentine révèle un lourd secret.
Valentin trouve une autre méthode pour convaincre Jace, Simon demande de l’aide à Magnus, et Clary cherche l’équilibre entre sa nouvelle et son ancienne vie.
Alec en danger de mort, Jace se précipite pour sauver son parabatai mais des forces ennemies émergent de tous les mondes et s'acharnent violemment contre les guerriers.
Jace reste prisonnier dans la Cité Silencieuse, Clary traque un démon entré dans l'Institut, et l'Enclave ordonne un changement radical pour Jocelyne.
Les Shadowhunters sont toujours sous le choc après une attaque sur l'Institut qui les a laissés meurtris, et Clary met tout en œuvre pour éviter une tragédie.
Clary et Izzy vont à la Citadelle pour rencontrer une secte guerrière qui fabrique toutes les armes des Shadowhunters et en sait peut-être plus sur l'Épée Mortelle.
Clary et Luke ne sont plus d'accord sur ce qu'il convient de faire quand la sœur de Luke apparaît. Une personne inattendue conseille Simon sur sa vie amoureuse.
Alec prépare la cérémonie des runes pour son frère Max, mais la tension monte au sein des Shadowhunters et des révélations douloureuses se font entendre.
Clary doit affronter l'hostilité des créatures obscures et l'activation du pacte de sang d'Iris. Isabelle et Raphael se rapprochent.
Alors que Valentin met en œuvre son plan concernant l'Épée Mortelle, les Shadowhunters se hâtent de prendre le Monde Obscur, et la vie de Clary est en danger.
Endeuillés par la terrible attaque de Valentin sur l'Institut, les Shadowhunters sont maintenant forcés de combattre un démon encore plus vil qui attaque New York.
Valentine et Magnus tentent de s'échapper de prison, Jace se démène avec sa nouvelle identité et les Shadowhunters doivent envisager une révolte des créatures obscures.
La mort subite de quelques Shadowhunters force les dirigeants de l'Institut à envisager un mode de défense discutable contre la violente révolte des créatures obscures.
Clary, Jace et Simon se rendent à la cour des Lumières pour poser leurs questions à la reine des fées, tandis qu'Alec passe un accord de paix avec les créatures obscures.
Sans aucun souvenir de la soirée précédente, Simon se réveille suspecté de meurtre. Alec envoie Valentin à Idris, et une personne du passé de Sebastian ressurgit.
Après les événements de l'année passée, Simon aimerait suivre les traditions de Yom Kippour, tandis que Clary et Jace se rendent à Idris à la recherche de Valentin.
Alors que les Shadowhunters se hâtent de trouver le troisième et dernier Instrument Mortel, Clary comprend que son frère Jonathan travaille pour Valentin.
Après une attaque, les Shadowhunters, sur le qui-vive, sont sur le point de coincer Jonathan Morgenstern, qui se trouve bien plus près qu’ils ne l’auraient cru.
Après des années de défiance, les créatures obscures s’allient pour quitter l’Enclave et pourchasser les fugitifs de leur côté, une décision potentiellement explosive.
Les créatures obscures combattent une armée de démons libérés par une faille dimensionnelle qui leur impose un choix : défendre New York ou repousser Valentin.
Clary devient Shadowhunter à part entière, mais elle cache un grand secret. Un démon à face de hibou s'attaque aux Terrestres. Magnus perd sa position de Grand Sorcier.
Jace invite Clary à dîner, mais un autre couple se joint à leur soirée. Les Shadowhunters commencent à comprendre qu'ils sont sous le feu d'une attaque des démons.
Aidé par Magnus, Alec invite sa mère à un dîner de famille. Raphael subit une perte qui lui brise le cœur. Simon essaie de pénétrer dans le royaume des Fées.
Les amis de Jace remarquent des changements perturbants dans sa personnalité. Simon trouve un colocataire idéal. Clary et Izzy poursuivent un vampire incontrôlable.
Clary demande à Cleophas de l'aider à comprendre ce qui ne va pas chez Jace. Alec apprend un secret sur le passé de Magnus. Jace se méfie du colocataire de Simon.
Magnus enquête sur une attaque démoniaque avec Clary et appelle un vieil ami à l'aide. Simon tente de se racheter auprès d'une personne qui ne veut alors plus s'en aller.
Clary doit dire la vérité concernant son vœu et tenter de retrouver Jace avant que l'Enclave mette la main sur lui. Luke et Simon cherchent la dernière victime de Lilith.
En attente de son jugement, Clary est emprisonnée par l'Enclave. Magnus, Alec et Isabelle essaient de sauver Jace. Simon en apprend davantage sur la reine d'Edom.
Pour sauver sa vie, Clary donne à l'Enclave ce qu'elle veut, mais le résultat est catastrophique. Le passé de Simon revient les hanter, lui et sa famille.
Simon fait un choix déchirant pour protéger sa famille. Magnus appelle son père à l'aide. Les Shadowhunters se préparent à affronter Lilith.
Luke a de gros doutes sur le sort réservé à Clary. Izzy apprend quelque chose de perturbant à propos de l'Enclave. Simon essaie de retirer la marque sur son front.
Les Shadowhunters suivent Clary et Jonathan à Paris. Magnus se fait difficilement à sa nouvelle vie sans magie. Simon poursuit ses efforts pour retirer la marque.
Les souvenirs de l'emprise de Lilith sur lui hantent Jace. Clary en apprend plus sur la rune qui la lie à Jonathan. Luke donne des conseils à Maia.
Le rendez-vous de Jace et Clary, interrompu par Jonathan, finit mal. Magnus fait une tentative désespérée pour récupérer sa magie. Luke est soupçonné de meurtre.
Les Shadowhunters sont à la recherche des tueurs de vampires. La rune commence à assombrir l'humeur de Clary. Magnus est reçu avec froideur à l'Institut.
N'ayant pas réussi à retirer la rune, les Shadowhunters tentent une nouvelle approche. Depuis sa transfusion magique, Magnus souffre d'effets secondaires.
Izzy et Simon commencent une mission dangereuse qui révèle la corruption au sein de l'Enclave. Clary et Jonathan se rappellent de sombres souvenirs d'enfance.
Le soir d'Halloween, la sœur de Simon entretient une vieille tradition. Clary souffre d'être séparée de Jace. Alec doit prendre une décision importante concernant Magnus.
Rongée par la rune, Clary fuit avec Jonathan jusqu'à un club de Créatures obscures où ils espèrent obtenir l'Étoile du matin. Izzy essaie de reforger Glorieuse.
Jonathan passe un accord avec les Fées et révèle sa vraie apparence, tandis que les Shadowhunters, voulant à tout prix l'arrêter, se jettent dans le combat à Alicante.
Ayant découvert une rune qui donne accès à Edom, les Shadowhunters espèrent retrouver Magnus et le libérer avec l'aide de leurs alliés du Monde Obscur.
De retour sur Terre, les alliés affrontent une Lilith plus puissante que jamais. Jonathan prépare une série d'attaques démoniaques sur les Instituts de Shadowhunters.