Tante Dete conduit Heidi chez son grand-père, qui vit dans la haute montagne. En chemin, la fillette entend sur le vieil homme des histoires peu rassurantes.
Le grand-père envoie Heidi rejoindre Peter, son "Général chevrier", dans la prairie. Les enfants ne s'entendent pas, jusqu'à ce que les problèmes surviennent.
Heidi est capturée par la bande de Karl, et Peter le défie d'escalader une dangereuse falaise, mais les choses ne se déroulent pas comme prévu...
Heidi part à la recherche d'une plante pour soigner un oiseau blessé et tombe sur la cachette secrète de Peter dans la forêt.
Au village, Heidi entend Karl préparer l'attaque de la cabane de Peter. Elle se précipite pour avertir son ami et élaborer un plan avec lui.
Heidi s'échappe car elle a peur que son grand-père l'envoie à l'école. Le vieil homme reçoit une lettre surprenante de tante Dete.
Heidi est poussée par Theresa à "acheter" le pain de quelqu'un d'autre et doit prouver au village qu'elle n'est pas une voleuse.
Karl et Theresa poursuivent Heidi et Peter jusqu'à l'ancienne maison du grand-père. Les filles se retrouvent coincées dans le grenier, et personne ne peut les entendre.
Les villageois organisent une battue contre un loup qui menace leurs chèvres. En promenade dans la forêt, Heidi trouve un louveteau.
Au retour du printemps, Peter découvre que le trésor qu'il avait caché dans sa cabane a disparu. Avec l'aide de Heidi, il tend un piège aux voleurs.
Karl et Theresa ont pris possession de la cabane, mais Heidi et Peter ne sont pas d'accord sur ce qu'il faut faire. Heidi demande de l'aide à son grand-père.
Heidi et Theresa décident d'oublier leurs différends et partent ensemble à la rescousse d'une des chèvres.
Heidi est fin prête pour devenir "Général chevrier". Sa joie retombe aussitôt quand tante Dete vient la chercher pour la ramener en ville.
Heidi est chargée de tenir compagnie à Clara, une jeune fille clouée dans un fauteuil roulant. Elle doit d'abord plaire à Mademoiselle Rottenmeier, la sévère gouvernante.
Heidi grimpe en haut du clocher de la cathédrale pour voir les montagnes, mais elle a besoin d'un complice pour ne pas se faire attraper par Mademoiselle Rottenmeier.
Mademoiselle Rottenmeier punit Heidi pour avoir ramené des chatons à la maison. Clara intervient pour éviter aux animaux un terrible sort.
Les fillettes ont hâte de montrer au père de Clara les progrès que sa fille a faits grâce à Heidi. Un accident vient pourtant compromettre la place de Heidi.
Après les vacances d'été, le professeur de Clara réalise que Heidi ne sait ni lire ni écrire. Clara fait tout pour qu'elles suivent les cours ensemble.
Ancienne actrice, la grand-mère de Clara décide de monter une pièce de théâtre avec les fillettes. Heidi se découvre une passion pour la lecture.
La grand-mère emmène les fillettes au parc, où elles se font un nouvel ami. La jalousie s'empare de Clara quand Heidi et Rudy se mettent à courir après les papillons.
Heidi et la grand-mère craignent que Clara ait renoncé à essayer de marcher et font tout pour l'encourager. Clara s'entraîne en cachette pour leur faire la surprise.
Heidi et Clara profitent de l'absence de Mademoiselle Rottenmeier pour ramener un chevreau malade. Le majordome a réservé une surprise à tante Dete.
Fâchée au sujet du chevreau, Mademoiselle Rottenmeier décide de démissionner. Clara est très contrariée, et Heidi sait qu'une seule chose pourra retenir la gouvernante.
Comme Clara tient désormais sur ses jambes, Heidi imagine qu'elle va repartir dans les montagnes. Elle découvre pourtant que le père de Clara a une autre idée en tête.
L'été est arrivé et les montagnes manquent plus que jamais à Heidi. Mademoiselle Rottenmeier et le père de Clara enquêtent sur d'étranges bruits pendant la nuit.
D'abord triste que son grand-père ne lui ait pas répondu, Heidi découvre que sa lettre n'a jamais été postée et qu'une personne de la maison l'a gardée...
Heidi dit au revoir à Clara et reprend enfin le chemin de la montagne. Mais le grand-père n'a pas reçu son message et fait ses bagages pour partir...
Peter part secourir Karl, tombé dans un puits. Heidi se retrouve alors en charge du troupeau et doit aider la chèvre de Peter à mettre bas.
Heidi et son grand-père s'installent au village pour qu'elle aille à l'école. Les Keller se montrent désagréables, mais Theresa a besoin de l'aide de grand-père.
Peter ne peut pas payer les médicaments pour sa grand-mère. Heidi les achète en échange d'un bijou de la famille. Une tempête de neige vient compliquer les choses.
Le jour d'un important contrôle à l'école, Peter découvre que quelqu'un a ouvert l'enclos et que ses chèvres sont parties. Le voilà face à un gros dilemme...
Avant de déménager dans un autre village, Karl organise une chasse au trésor pour donner sa collection de fossiles. Heidi sait pourquoi Theresa veut à tout prix gagner.
Clara rend visite à Heidi, mais Mademoiselle Rottenmeier ne veut pas qu'elle dorme au chalet. Les fillettes mettent au point un plan risqué pour la convaincre.
Mademoiselle Rottenmeier part à la recherche des fillettes dans les montagnes et se perd en chemin. Une tempête approche.
Le grand-père tente de terminer un pont qu'il a commencé il y a bien longtemps, mais des cauchemars le hantent. Heidi et Clara tentent de reconstituer ce qui est arrivé.
Mademoiselle Rottenmeier est surprise de croiser au village un homme de son passé. Voyant qu'il est engagé par le grand-père, elle décide de partir.
Peter est jaloux du temps que Heidi et Clara passent ensemble, alors il dérobe le fauteuil roulant. Les amis ont une terrible dispute... qui finit en agréable surprise !
Quand Peter voit arriver le père et la grand-mère de Clara, il pense qu'ils sont venus le réprimander et il prend la fuite. Heidi tente de le convaincre de revenir.
Le village fête la fin de la construction du pont du grand-père. Heidi et Clara organisent un pique-nique, mais les tensions familiales risquent de tout gâcher...