Lorsqu'un voyant vole le Puzzle du millenium, Yugi est contraint de se battre en duel contre lui pour le récupérer sans l'aide de ses amis ni de l'esprit du puzzle.
Une menace sournoise brise le Puzzle du millenium et met le feu à l'arène. Yugi arrivera-t-il à reconstituer le puzzle et sauver l'esprit avant qu'ils partent en fumée ?
L'origine de Duel de monstres est révélée ! Shizu se sert de son collier magique pour montrer à Kaiba la façon dont on jouait à l'ancien jeu il y a des millénaires.
Téa aide l'esprit du Puzzle du millenium à recouvrer sa mémoire d'Égypte, mais ils sont interrompus par un duelliste danseur et des monstres musicaux.
Yugi jette un regard sur le passé, lorsqu'il était un pharaon héroïque. Kaiba teste les pouvoirs cachés de sa carte de dieu égyptien, Obélisk, le tourmenteur.
De sinistres Pilleurs de l'ombre contraignent Joey à un duel. S'il perd, les pilleurs s'empareront du précieux Dragon noir aux yeux rouges.
Le tournoi commence, avec de nouvelles règles et de nouveaux monstres. Yugi tente de regagner la carte de Joey mais tombe dans le même piège que lui.
Yugi arrive à comprendre la stratégie du Pilleur de l'ombre, mais il est trop tard. Le pilleur est à deux doigts de la victoire. Yugi doit trouver un moyen de l'arrêter.
Le duelliste médium Espa Roba bat Rex Raptor à plates coutures. Joey, prochain sur la liste, vaincra-t-il son adversaire capable de lire les cartes dans sa main ?
La perception extrasensorielle d'Espa Roba est une supercherie, mais Joey subit toujours ses manipulations mentales et se demande si la chance l'a laissé tomber.
Le duelliste magicien Arkana transporte Yugi dans l'arène la plus terrible du monde, où le perdant est envoyé au Royaume des ombres.
C'est une lutte entre Magiciens des ténèbres. Yugi ne contrôle que l'un d'entre eux, mais Arkana en a trois dans son jeu. Il ne s'avoue toutefois pas vaincu.
Pour contrer le Magicien des ténèbres d'Arkana, Yugi sort la Magicienne des ténèbres de son chapeau. Une guerre des sexes commence !
Insector Haga le rusé attire Joey dans un duel inégal. Il utilise un parasite pour infecter le jeu de cartes de Yugi et l'empêcher d'invoquer de puissants monstres.
Joey écrase la mite suprême d'Insector Haga qui libère la féroce Reine insecte dont la force grandit à chaque petite bête qu'elle dévore.
Yugi affronte un autre infâme Pilleur de l'ombre qui bloque toutes ses attaques avec une substance gluante glissante se régénérant après destruction.
Strings invoque le puissant dieu monstre égyptien Slifer, le Dragon céleste, mais quelle chance les monstres mortels de Yugi ont-ils de vaincre un dieu égyptien ?
Une carte magique permet au Dragon céleste de Strings d'acquérir une puissance d'attaque infinie. Yugi trouvera-t-il le point faible de Slifer avant d'être anéanti ?
Joey affronte le duelliste venu des sept mers Mako Tsunami et sa horde de monstres sous-marins. Pendant ce temps, les Pilleurs de l'ombre se rapprochent de lui.
Lorsque ses monstres sont détruits par le guerrier océanique de Mako dans les profondeurs de la mer, Joey doit rassembler toutes ses forces pour ne pas sombrer.
Joey et Téa se font enlever, et les Pilleurs de l'ombre capturent Makuba, obligeant Yugi et Kaiba à participer à un duel par équipe en haut d'un gratte-ciel.
Lumis et Umbra cherchent à déstabiliser Yugi et Kaiba. Ces derniers arriveront-ils à faire la paix avant d'embarquer pour un aller simple au Royaume des ombres ?
Yugi et Kaiba commencent à montrer des signes de collaboration, mais Umbra et Lumis invoquent une menace monstrueuse aux énormes pouvoirs. Est-il trop tard ?
Yugi combine ses monstres magnétiques afin de créer un guerrier ultrapuissant, mais Umbra et Lumis ont un autre tour dans leur sac pour les retourner contre lui.
En mission pour sauver leurs amis, Yugi et Kaiba partagent leurs inquiétudes et leurs secrets en évoquant les épreuves auxquelles ils ont survécu et celles à venir.
Marik s'empare de l'esprit de Joey et oblige Yugi à le combattre en duel. Joey vaincra-t-il Yugi ou Yugi lui fera-t-il reprendre ses esprits à temps ?
Manipulé par Marik, Joey attaque Yugi qui ne trouve pas la force d'affronter son ami. Le monstre préféré de Joey sauvera-t-il la situation ?
Yugi doit affronter Joey sans le Puzzle du millenium, mais ce dernier tire une carte susceptible d'annuler tous les points de vie de Yugi. Peut-il encore gagner ?
Il ne reste plus qu'une minute de duel entre les deux amis, dont le perdant sombrera dans les profondeurs de la mer. N'existe-t-il aucune solution ?
Bakura lance son armée de fantômes dans une bataille contre les zombies zélés de Bonz pour gagner le droit de participer à la finale de Bataille-Ville.
Un séducteur d'Hollywood lance un duel à Mai pour obtenir qu'elle l'épouse. Succombera-t-elle à son charme ou à ses cartes de monstres ninjas ?
La finale de Bataille-Ville commence. C'est le test ultime pour Yugi et les autres finalistes qui doivent s'affronter dans une arène suspendue dans le ciel.
Bakura est possédé par un esprit malveillant. Yugi arrive à chasser ses goules, mais Bakura a un autre plan sinistre en tête.
Bakura active le Tableau de la destinée afin de faire perdre Yugi rapidement. Qui plus est, sa main empêche Yugi d'attaquer ! Le temps presse !
Yugi est face à un choix difficile : attaquer pour progresser dans la finale ou se rendre pour sauver une vie mais rater la chance de sauver le monde des forces du mal.
L'origine des cartes des dieux égyptiens est révélée lorsque le mystérieux Shadi fait voyager Yugi dans le temps jusqu'à l'époque de la création de Duel de monstres.
Les pièges d'Odion perturbent Joey qui doit se servir des monstres qu'il a gagnés plus tôt dans le tournoi pour essayer de planifier une contre-attaque réussie.
Odion lance une attaque ayant des conséquences sur les points de vie de Joey. Ce dernier est-il trop déstabilisé pour pouvoir mener sa contre-attaque à bien ?
Joey réussira-t-il à battre la bête insatiable d'Odion qui dévore tous ses monstres chaque fois qu'ils sont appelés au combat ?
Odion triche et invoque le Dragon ailé de Râ, l'effroyable troisième dieu monstre égyptien, risquant de faire perdre tous ses points de vie à Joey.
Mai se bat en duel contre Marik dans le terrible Royaume des ombres où perdre des points de vie signifie perdre des souvenirs. A-t-elle une chance face à lui ?
Mai perd de plus en plus la mémoire et sa confiance en ses capacités. Ses amis peuvent-ils l'aider ou finira-t-elle prisonnière à jamais du Royaume des ombres ?
Mai prend le contrôle d'une des puissantes cartes de dieu égyptien de Marik, mais elle doit résoudre son mystère avant lui afin de ne pas être réduite en cendres.
Kaiba doit affronter une adversaire portant un collier spécial capable de lui faire voir l'avenir, y compris les choix que Kaiba va faire.
Le collier magique de Shizu lui prédit la victoire. Kaiba peut-il encore changer sa destinée ?
Alors que le mal grandit en Marik, Shizu révèle les secrets de son passé. Yugi arrivera-t-il à empêcher Marik de sombrer dans les ténèbres ou est-il trop tard ?
Bakura affronte Marik au cours d'un duel aux enjeux élevés : le contrôle de la Baguette et de l'Anneau du millenium ou bien une éternité au Royaume des ombres.
Bakura et le bon Marik invoquent le Dragon ailé de Râ pour chasser le mauvais Marik, mais la créature a des pouvoirs spéciaux que seul le mauvais Marik sait utiliser.