Tony Stark, jeune inventeur de génie, vient de mettre au point une armure révolutionnaire. Mais il n'a malheureusement pas le temps de la montrer à son père.
Tony pense que c'est Obadiah Stane, l'homme qui a repris l'entreprise Stark International, qui a orchestré l'assassinat de son père.
Le Mandarin, persuadé que Tony Stark peut retrouver les anneaux Makluan disparus, veut se rapprocher de lui sous sa véritable identité : Gene Khan, âgé de 16 ans.
Iron Man apprend que Blizzard traque lui aussi Obadiah Stane. Malgré les doutes de Rhodey, Tony pense avoir des affinités avec Blizzard.
Le Fixeur cible le père de Pepper Potts, un agent du FBI. Lorsque ce dernier se retrouve à l'hôpital, Pepper se lance à la recherche de son attaquant.
Un astronaute censé avoir disparu dans l'espace s'écrase dans la ville. Il en réchappe grâce à sa tenue spéciale : celle de Crimson Dynamo.
Tony, qui a de plus en plus de mal à concilier sa vie d'adolescent ordinaire et ses super-pouvoirs, décide d'arrêter l'école pour se consacrer à la défense de la planète.
Tony a laissé sa nouvelle armure chez Stark International. Rhodey et Pepper l'aident à la récupérer avant que le secret d'Iron Man ne soit révélé.
Tony et ses amis cherchent les anneaux Makluan, mais les choses tournent mal quand leurs redoutables gardiens arrivent.
Tony se fait approcher par un groupement de scientifiques sur un salon professionnel. En proposant son aide, il se fait par inadvertance un nouvel ennemi : le Contrôleur.
Obadiah Stane adopte un comportement étrange. Iron Man enquête et comprend que Madame Masque se faisait passer pour Stane et qu'il est lui-même sa nouvelle cible.
Le Projet Pégase capture Iron Man et commence à analyser son armure. Mais grâce à Rhodey et Pepper, le héros est libéré et prêt à se venger.
Alors que Tony et Gene se demandent que faire du 3e anneau Makluan, Gene libère accidentellement son gardien, Ultimo.
Le Fixeur infecte la tenue d'Iron Man avec un virus mortel et Tony se retrouve prisonnier de son armure.
Quand Iron Man suit Moïse Magnum jusque dans les locaux secrets d'AIM, il tombe sur la Panthère noire qui, elle aussi, recherche Magnum.
Iron Man intervient pour protéger la Terre contre le Laser. Mais Nick Fury et le SHIELD ordonnent à Tony de se retirer.
Tony appelle ses amis au secours lorsque le Fantôme capture Madame Masque.
Quand Pepper se retrouve au beau milieu d'une querelle entre les Tong et la Maggia, le Mandarin fait volteface en appelant Iron Man à la rescousse.
Tony pense que le virus qu'il a créé par accident a disparu pour de bon. Mais hélas, les souches se développent et menacent Iron Man.
À cause de Firebrand, le gardien du 4e anneau Makluan, Pepper et Rhodey se retrouvent dans le cratère d'un volcan. Iron Man doit les sauver avant la prochaine éruption.
Impuissant contre la nouvelle création toute puissante de l'AIM, Iron Man comprend que sa survie dépend du Laser.
L'armure d'Iron Man se retrouve accidentellement entre les mains de Happy Hogan. Tony doit maintenant l'aider à déjouer les plans de la Maggia sans révéler son secret.
Le Contrôleur se sert d'un garçon et de Hulk pour se venger d'AIM. Iron Man intervient, mais il est intercepté par le Contrôleur. Seul Hulk peut l'arrêter.
Obadiah Stane fait appel à Tony pour trouver un remède à la maladie de sa fille. Iron Man sait qu'il en existe un en Arctique et se met en route.
Libéré par Zhang, le redoutable dragon Fin Fang Foom donne du fil à retordre à Tony et à ses amis.
Rhodey arrive juste à temps pour sauver ses amis des griffes de Fin Fang Foom. Le dragon et le Mandarin affrontent ensuite Iron Man et War Machine.
Quand son mystérieux nouveau chef ordonne l'enlèvement de Justin Hammer, le Fixeur présente le tout nouveau Whiplash 3.0 qui s'occupera de la mission.
Alors que le groupe Stark International est menacé, Tony, très affaibli, n'hésite pas à revêtir la toute nouvelle armure Iron Man 2.0 pour affronter ses ennemis.
Quand le Fixeur réveille le Laser conformément aux ordres de Justin Hammer, le Laser se retrouve coupé en deux, avec une moitié gentille et une autre méchante.
Pour s'emparer de l'armure d'Iron Man, Obadiah Stane enrôle le Fantôme qui met au point un dispositif rusé pour localiser l'armure et démasquer Iron Man.
Alors que Stane a créé des répliques de l'armure d'Iron Man, Tony doit prouver qu'elles ne sont pas authentiques, au risque de s'attirer la haine des civils.
Après les attaques contre Hammer Multinational, Tony découvre que Stark International est impliqué dans une guerre civile. La Panthère noire cible Justin Hammer.
Ayant finalement acquis les plans de l'armure d'Iron Man, Justin Hammer présente sa nouvelle création à l'armée : Titanium Man.
Pour s'emparer de l'armure d'Iron Man, Obadiah Stane forme une alliance improbable avec le Dr Fatalis. Mais ce dernier a ses propres projets.
Iron Man doit empêcher Hawkeye et Veuve noire de voler le processeur d'interface utilisateur de Stark International. Mais Justin Hammer réussit à s'en emparer lui-même !
Lorsque Obadiah Stane termine l'armure de l'Iron Monger, Iron Man et War Machine unissent leurs forces pour le vaincre.
La Veuve noire est de retour. Elle a volé des données à Nick Fury et à l'héliporteur du SHIELD. Qu'en coûtera-t'il au jeune Iron Man pour découvrir ses secrets ?
À cause de Rhona, l'Académie est truffée de pièges dangereux pour Tony et ses camarades. Andy, le frère jumeau de Rhona, semble redoutable lui aussi.
Obadiah, renvoyé pour avoir ordonné la production en masse de l'armure d'Iron Monger à cause du Fantôme, jure de se venger du conseil d'administration.
Le Mandarin a grand besoin de l'aide de Tony pour récupérer le 8e anneau Makluan. Mais Tony refuse sa proposition et se retrouve en difficulté.
Pendant le combat entre Iron Man et Blizzard, Justin Hammer rachète Stark International. Sous le couvert d'Iron Man, Tony veut révéler la véritable nature de Justin.
Lorsque l'agent du SHIELD Mallen est renvoyé par le général Nick Fury, il absorbe le sérum Extremis et se transforme en monstre vengeur.
Annie, la nouvelle amie de Tony, est une mutante qui fuit Magneto. Iron Man essaie de la protéger, mais Magneto maîtrise si bien le métal que ce n'est pas simple.
Assoiffé de vengeance, le Contrôleur a mis au point un stratagème pour asservir toute la ville à l'aide d'une nouvelle technologie virtuelle qu'il appelle le Mainframe.
Andros, le petit-fils de Tony Stark, est l'Iron Man de l'an 2099. Mais sa super-armure n'a pas été conçue pour sauver le futur. Elle est destinée à éliminer Tony Stark !
Très affaibli, le Mandarin se téléporte dans l'armurerie et annonce une terrible nouvelle à Tony Stark : le Dr Fatalis a trouvé le 9e anneau.
Howard Stark est vivant, ce qui provoque la frénésie des médias. Le public veut qu'il reprenne ses fonctions de PDG, mais évidemment, Justin Hammer s'y oppose.
Stupéfait de voir Howard vivant, Bruce Banner reprend espoir. Howard l'aide à se débarrasser d'une malédiction secrète.
Tony désespère de trouver Obadiah, mais d'étranges événements se produisent. L'armure d'Iron Monger est dérobée et Howard est touché par une flèche empoisonnée.
Tony donne à Pepper sa propre armure. Iron Man, War Machine et Rescousse s'apprêtent à combattre le Mandarin, mais le Gardien extraterrestre est réveillé.
Après avoir trouvé les 10 anneaux, le Mandarin survole New York et annonce à la télévision que tous les peuples de l'univers seront bientôt réunis grâce à lui.
Iron Man, War Machine et Rescousse n'ont plus beaucoup de temps pour réunir Nick Fury, Hawkeye, Hulk, la Panthère noire et Veuve noire afin de combattre les Makluans.